விஜயநகர அரசின் இளவரசர் குமார கம்பணரின் மதுரை
வெற்றியை அடுத்து (கி.பி. 1371) மதுரைப் பகுதிகள் விஜயநகர
அரசின் ஆட்சிக்குட்பட்டன. பின் விஜயநகர அரசின்
ஆட்சிக்குட்பட்ட நாயக்க அரசு மதுரையில் ஏற்படுத்தப்பட்டது.
மதுரையைத் தலைநகராகக் கொண்ட நாயக்க அரசை
ஏற்படுத்தியவர் விஸ்வநாதர் (1529-64) ஆவார். இவர்
ஆட்சிக் காலத்தில்தான் பாளையக்காரர் ஆட்சி முறை
கொண்டு வரப்பட்டது. விஸ்வநாதர் வழிவந்த முத்துகிருஷ்ணப்பர்
தமது தலைநகரை மதுரையிலிருந்து திருச்சிக்கு மாற்றினார் (1616).
பின் திருமலை மன்னர் காலத்தில் திருச்சியிலிருந்து தலைநகர்
மீண்டும் மதுரைக்கு மாற்றப்பட்டது(1634). திருமலை மன்னர்
ஆட்சிக் காலம்(1623-1659) மதுரை வரலாற்றில்
புகழ்மிக்கதாகும். திருமலை மன்னரின் பெயரன் சொக்கநாதர்
தலைநகரை மதுரையிலிருந்து திருச்சிக்கு மாற்றினார்(1665).
கி.பி.1736 இல் மதுரை நாயக்க அரசு முடிவுற்றவரை திருச்சியே
அதன் தலைநகராக இருந்தது. மதுரை நாயக்க அரசை ஆட்சி
புரிந்த புகழ்மிக்க பெண்ணரசி மங்கம்மாள் (1689-1706) ஆவார்.
சந்தா சாகிப்பின் இராணுவ நடவடிக்கைகளினால் மதுரை நாயக்க
அரசின் ஆட்சி முடிவுற்று மதுரை ஆர்க்காட்டு நவாபின்
ஆட்சியின்கீழ் வந்தது. சந்தா சாகிப்பை வென்ற மராட்டியர்கள்
கி.பி.1741 முதல் 1743 வரை மதுரையை ஆட்சி புரிந்தனர்.
கி.பி.1743இல் மதுரை மீண்டும் ஆர்க்காட்டு நவாபின்
ஆட்சியின்கீழ் வந்தது. ஆர்க்காட்டு நவாப் முகமதலியின்
ஆட்சியில் கான்சாகிப் என்ற ஆளுநர் கி.பி. 1759முதல்
1764வரை மதுரையைத் தலைநகராகக்கொண்டு மதுரை,
திருநெல்வேலிப் பிரதேசங்களைச் சிறப்பாக ஆட்சி புரிந்தார்.
கி.பி.1790 முதல் மதுரையில் ஆங்கிலேயர் ஆட்சி ஏற்பட்டது
எனலாம். ஆங்கிலேயர் ஆட்சிக் காலத்தில் மதுரை மாவட்டத்தின்