வழிபாடு செய்துகொண்டிருந்தார். அவருக்குப் பதினாறு வயதான போது, அவர் உயிரைக் கவர இயமன் வந்தான். மார்க்கண்டேயர் தாம் பூசைசெய்துகொண்டிருந்த சிவலிங்கத்தைக் கட்டித் தழுவிக் கொண்டார். இயமன் பாசக்கயிற்றை எறிந்து அவர் உயிரைக் கவர முயற்சி செய்தான். அப்போது சிவபெருமான் வெளிப்பட்டு யமனை உதைத்துத் தள்ளி மார்க்கண்டேயருக்கு என்றும் பதினாறுவயது தந்தருளினார் என்பது புராணக் கதை.