கி.பி. 1311இல் மாலிக்காபூர் மதுரைமீது படையெடுத்த
பொழுது ஸ்ரீரங்கம் கோவிலைத் தாக்கிக் கொள்ளையிட்டார்.
முகம்மது பின் துக்ளக் மதுரையைக் கைப்பற்றியபொழுது
ஸ்ரீரங்கம் கோவிலில் இஸ்லாமியர் தங்கி, இதனைப் படை
வீடாக வைத்துக்கொண்டனர். இச்சமயத்தில் இக்கோவிலிலிருந்த
சில தெய்வங்களின் சிலைகள், வழிபாட்டிற்குத் தேவையான
பொருள்கள், விலையுயர்ந்த அணிகலன்கள் ஆகியவை
இக்கோவிலின் பக்தர்களால் திருப்பதிக்குக் கொண்டு
செல்லப்பட்டன, அங்கிருந்து திருஅனந்தபுரக் கோவிலுக்கும்,
பின் இறுதியில் ஸ்ரீரங்கத்திற்கும் கொண்டு வரப்பட்டன.
கி.பி. 1371இல் குமார கம்பணர் தலைமையிலான விஜயநகரப்
படைகள் ஸ்ரீரங்கப்பகுதியை இஸ்லாமியரிடமிருந்து மீட்டன.

இஸ்லாமியப் படையெடுப்பால் அழிக்கப்பெற்றதற்குப்
பதிலாக ஸ்ரீ கருடாழ்வாரின் புதிய செப்புச்சிலை செய்யப்பட்டு
வழிபடப்பட்டது. (கி.பி. 1415). 15, 16ஆம் நூற்றாண்டுகளில்
பல தெய்வங்களின் சந்நிதிகள் மீண்டும் புதுப்பித்து
அமைக்கப்பட்டன. கோபுரங்கள் கட்டப்பட்டன. கோவில்
விமானம் மீண்டும் கட்டப்பட்டுப் பொன் வேயப்பட்டது.

விஜயநகர அரசின் வீழ்ச்சிக்குப் பிறகு மதுரையிலும்
தஞ்சாவூரிலும் ஆட்சிபுரிந்த நாயக்க மரபினர் இக்கோவிலுக்குப்
பல திருப்பணிகள் புரிந்தனர். தஞ்சை நாயக்க மன்னருள்
அச்சுதப்பரின் திருப்பணி குறிப்பிடத்தக்கது. மதுரை நாயக்க
மன்னர் விஜயரங்க சொக்கநாதர் (1706-1732) இக்கோவிலின்
மூன்றாம் பிரகாரத்தில் ஒரு மண்டபத்ைதையும், கண்ணாடி
அறையையும் கட்டுவித்தார். கண்ணாடி அறையில் விஜயரங்க
சொக்கநாதர், அவர் மனைவி, மகன், மருமகள் ஆகியோரின்
உருவச் சிலைகள் தந்தத்தால் செய்து முதற்பிரகாரத்தின்
மேற்குப் பகுதியில் வைக்கப்பட்டுள்ளன.