இத்திருக்கோயில் பல்வகையிலும் சிறப்புக்களைப் பெற்றுத் திகழ்கிறது.
இங்குத் தனியே தட்சிணாமூர்த்தி சந்நிதியில்லை. இத்தலத்தில் 24 தீர்த்தங்கள்
இருப்பதாகச் சொல்லப்படுகிறது. அவை அக்கினி தீர்த்தம், ஆத்ம கூபம்,
வேததீர்த்தம், நாராயண தீர்த்தம், தேவ தீர்த்தம், வாயு தீர்த்தம்,
மானவதீர்த்தம், காலாக்னிருத்ர தீர்த்தம், ரிஷி தீர்த்தம், ஆசுர தீர்த்தம்,
காந்தர்வ தீர்த்தம், இந்திர தீர்த்தம், பராசர தீர்த்தம், சூரிய தீர்த்தம், சந்திர
வாவி, வைதிக தீர்த்தம், லட்சுமி தீர்த்தம், சரஸ்வதி கூபம், பக்த தீர்த்தம்,
பாண்டவ தீர்த்தம், கௌதம தீர்த்தம், தொண்டர் குழி, கீழ் நீர், சுவேதநதி
என்னும் வெள்ளாறு என்பன. இதனால் சுவாமிக்குத் தீர்த்த நாதர் என்ற
பெயருமுண்டு.

     மூலவருக்கு மகுடாகமம் உத்தரபாகத்தின்படி பூஜைகள்
நடைபெறுகின்றன. ஆனி மகத்திலும் மார்கழித் திருவாதிரையிலும் 10 நாள்கள்
பெருவிழா நடைபெறுகிறது.

     இத்தலத்தில் “நம்பியார்கள்” எனப்படுபவர்களே முக்கிய
பூஜகர்களாவார்கள். இவர்கள் ஆத்ம நாதசுவாமியை உள்ளிட்ட 301
பேர்களாவர்.

     இத்திருக்கோயிலில் ஆறு வகைப்பட்ட பிரிவினர்களின் மூலமாகப்
பூஜைகள் நடைபெறுகின்றன. அவ்விவரம் வருமாறு:-

     (1) மூலவருக்கும், குருந்தமரத்தடியிலுள்ள மூல சுவாமிக்கும் -
        நம்பியார்களும்
     (2) பரிவார தெய்வங்களுக்குச் சிவாசாரியார்களும்
     (3) குதிரைச்சாமிக்குச் சைவப் பிள்ளைமார்களும்
     (4) வீரபத்திரருக்கு வேளாளர்களும், 5 கொத்தனார்களும்
     (5) மகாலிங்கமூர்த்திக்கு அஷ்ட சாஸ்திரக்காரர்கள் எனப்படு வோரும்
        பூஜைகளைச் செய்து வரும் ஏற்பாடு இங்குள்ளது.

     நாள்தோறும் ஆறுகால பூஜைகள். ஆத்மநாதருக்கு ஆறுகாலங்களிலும்
புழுங்கலரிசி நிவேதனம், ஒரு தவலையில் வடித்து, கை படாமல்
அப்பாத்திரத்தோடு கொண்டுவந்து அமுத மண்டபத்தில் உள்ள கருங்கல்
மேடையில் (சுவாமிக்கு எதிரில்) அப்படியே கொட்டி, ஆவியோடு சுவாமிக்கு
நிவேதிப்பதை நாமும் பார்த்துத் தரிசிக்கலாம். அர்த்த சாமத்தில் தினமும்
புளியோதரை, எள் சாதம், பால் சாதம், உளுந்து சாதம், பாகற்காய்,
 முளைக்கீரை நிவேதனம். திருவிழாக் காலங்களில் வழக்கமான மேற்படி
நிவேதனங்களுடன் தேன்குழல், வடை, புட்டு, சீயம், அதிரசம், தோசை
முதலியவை சிறப்பு நிவேதனமாகும்.